FreeBSD 12.2-RELEASE に上げてから、/etc/rc.conf に記述してある keymap を 「jp.106」から「jp」に変更するようにとのメッセージが OS 起動時の login 画面につく少し前に表示されるようになった。

一台だけ日本語のキーボード配置がある。言われた通りに変更すると、起動時のメッセージには出なくなった。キーボードも問題なく使えている。