Node.js は JavaScript の実行環境。npm は Node のパッケージマネジャー。npm は環境構築の為のコマンドで、Node.js は JavaScript のインタプリタ。

Python で例えると、python が Python 言語のインタプリタ。若干ややこしいのは Python だと言語の名前も Python だと言うこと。pip を使って仮想環境を更に整えるが、それが JavaScript 環境だと npm になる。